目前，有的生產廠家采用手動方式進行控制風量和風壓的調節，但由于控制風量和風壓的調節閥均在技術隔層，而且吊頂也都是彩鋼板的軟吊頂，基本上都是在安裝調試時調好，此后，大都沒再調節過，實際上也無法調節。為確保潔凈廠房的正常生產和工作，應設置一套較完整的自控裝置，實現以下功能：潔凈室工程空氣潔凈度、溫濕度、壓差監控、風閥調節；高純氣體、純水和循環冷卻水的溫度、壓力、流量的檢測；氣體純度、純水水質的監測等。

冷水機組如果要求較大的制冷量，不宜選用單機，宜采用多機制，電機宜用變頻調速，以降低起動功率。多機可以靈活使用，不至于出現“大馬拉小車”的浪費能源現象。冷水機組如果要求較大的制冷量，不宜選用單機，宜采用多機制，電機宜用變頻調速，以降低起動功率。多機可以靈活使用，不至于出現“大馬拉小車”的浪費能源現象。

潔凈室工程關于空調箱的選擇，應考慮所處的氣候環境。如在冬季氣溫低、空氣含塵量大的北方地區，則應在通用的空調機組上增設新風預熱段，采用淋水式空氣處理方式，使其既對空氣洗塵又使其產生熱溫交換達到所要求的溫、濕度。而在氣候濕潤，空氣含塵濃度較低的南方地區，則冬季也無需對新風預熱，對空氣的過濾及溫、濕度的調節則采用初效過濾，表冷面調節溫濕度，也可加強溫減濕工序，再經中效過濾和終端高效或亞高效過濾。空調箱配套風機采用變頻風機，這不僅節能，還可靈活調節風量風壓。

空調凈化是能耗大戶，設計與施工中需關注節能措施。在設計中，系統及區域的劃分，送風量計算，溫度與相對溫度的確定，潔凈級別與換氣次數的確定，新風比，風管保溫，風管制作中的咬口形式對漏風率的影響，干管支管連接角度對氣流阻力的影響，法蘭連接是否漏風等以及空調箱、風機、冷水機組等設備選擇無一不與能耗有關，所以，潔凈室工程這些細節必須要考慮到。

潔凈室工程在集中或凈化空調系統中，對風管的要求是既經濟又能有效地送風。前者要求體現在價格低廉，方便施工，運行成本，內表面光滑阻力小。后者是指嚴密性好，不漏氣，不發塵，不積塵，不污染，可耐火、耐腐蝕、耐潮濕。潔凈廠房設置電話，對講電話，可以減少人員在潔凈區走動，減少發塵量，也可在萬一發生火災時及時與外部聯系，也為正常工作聯系創造條件。此外，還應設置火災報警系統，防止火情不易被外部發現而造成重大經濟損失。